Targeted Sequencing adalah teknik sekuensing yang berfokus pada subset gen atau wilayah genom yang terisolasi. Pendekatan ini menggunakan platform Next-Generation Sequencing (NGS) yang dapat menyederhanakan waktu, biaya, dan akurasi analisis data pada area spesifik yang diminati. Analisis tertarget ini dapat mencakup eksom (bagian pengkode protein genom), gen spesifik diminati (konten spesifik), target dalam gen, atau DNA mitokondria.
Dibandingkan dengan Whole-Genome Sequencing (WGS) dan Sanger Sequencing, Targeted Sequencing merupakan metode yang lebih hemat biaya karena berfokus pada wilayah yang paling mungkin terlibat dalam fenotipe yang diminati. Hal ini memungkinkan teknik ini untuk mendeteksi berbagai perubahan genom, mulai dari Single Nucleotide Variants (SNV) hingga insersi, delesi, dan lainnya. Set data yang dihasilkan juga lebih kecil dan lebih mudah dikelola.
Tujuan utama target enrichment dalam NGS Targeted Sequencing adalah memodifikasi DNA library sehingga lokus-lokus genetik spesifik direpresentasikan dengan lebih baik sebelum sekuensing dimulai. Saat ini, terdapat dua teknik target enrichment: Amplicon-based Sequencing dan Hybrid Capture.
- Pendekatan berbasis amplikon yang menggunakan amplifikasi PCR untuk mengamplifikasi sekuens target secara ekstensif dan selektif, memiliki keuntungan dengan memungkinkan DNA berjumlah kecil diamplifikasi untuk menghasilkan banyak molekul untuk setiap lokus target. Namun, risiko pendekatan amplikon adalah munculnya variasi buatan yang dihasilkan oleh polimerase (bahkan dengan polimerase fidelitas tinggi sekalipun). Jika kesalahan ini terjadi di awal proses amplifikasi, kesalahan tersebut akan sulit dideteksi yang pada akhirnya mengurangi konfidensi data. Disamping masalah variasi, pendekatan amplikon dapat mempersulit multiplexing dan probabilitas kesalahan akan meningkat seiring dengan bertambahnya jumlah target.
- Pendekatan berbasis hibridisasi, juga dikenal sebagai Hybridization Capture, melakukan target enrichment dengan mengisolasi wilayah target secara fisik sebelum proses sekuensing dilakukan. Hybridization Capture biasanya menggunakan probe-probe oligonukleotida terbiotinilasi yang dirancang untuk komplementer terhadap wilayah genom yang diinginkan. Setelah berikatan dengan wilayah target, kompleks target-probe akan diimobilisasi dengan bead-bad berlapis streptavidin, sementara wilayah non-target yang tersisa dari DNA library kemudian dihilangkan dengan pencucian menggunakan buffer spesifik. Bagian genom yang tersisa adalah DNA library yang terdiri dari wilayah target.
Get Your Free Quote (+6281293185185)