Metode Ekstraksi DNA dan RNA Dengan Phenol:Chloroform:Isoamyl (25:24:1, v/v) dari SolarBio
Apa itu DNA dan RNA?
Asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA) merupakan molekul terpenting dalam sel makhluk hidup yang bertanggung jawab atas penyimpanan dan pembacaan informasi genetik yang mendasari semua kehidupan. Ada beberapa perbedaan yang memisahkan DNA dari RNA. Berikut perbedaanya dapat dilihat pada
Tabel 1.
Tabel 1 Perbedaan DNA dan RNA
| Perbedaan | DNA | RNA |
|---|---|---|
| Singkatan dari | Deoxyribonucleic Acid | Ribonucleic Acid |
| Fungsi | DNA sebagai replikasi dan tempat penyimpanan informasi genetik, juga sering disebut sebagai blueprint semua informasi suatu organisme | RNA mengubah informasi genetik yang terkandung dalam DNA menjadi format yang digunakan untuk membangun protein, kemudian memindahkannya pusat produksi yaitu ribosomal |
| Struktur | DNA terdiri dari 2 rantai asam nukleat, yang tersusun helix ganda. Setiap nukleotida mengandung fosfat, molekul gula 5-karbon dan basa nitrogen. | RNA terdiri satu rantai asam nukleat, yang susunannya sama dengan DNA. Namun untai RNA lebih pendek dibanding DNA. |
| Panjang | DNA memiliki untaian yang lebih panjang dari RNA, dapat dilihat dari kromosom yaitu molekul tunggal DNA yang apabila diurai memiliki panjang beberapa sentimeter. | Molekul RNA memiliki panjang yang bervariasi, tetapi jauh lebih pendek dari polimer DNA. |
| Gula | Ikatan gula pada DNA adalah deoksiribosa, yang mengandung satu gugus hidroksil lebih sedikit daripada ribosa RNA. | RNA mengandung molekul gula ribosa, tanpa modifikasi hidroksil deoksiribosa. |
| Basa | Basa dalam DNA yaitu Adenin ('A'), Timin ('T'), Guanin ('G') dan Sitosin ('C'). | Basa RNA yaitu Adenin ('A'), Guanin ('G') dan Sitosin ('C') sama dengan DNA, namun Timin pada RNA diganti dengan Urasil ('U'). |
| Pasangan Basa | Adenin dan Timin (A-T) Sitosin dan guanin (C-G) | Adenin dan Urasil (A-U) Sitosin dan guanin (C-G) |
| Lokasi | DNA berada di nukleus atau inti sel, sejumlah kecilnya berada pada Mitokondria. | RNA terbentuk di nukleolus, dan kemudian berpindah ke daerah khusus sitoplasma tergantung pada jenis RNA yang terbentuk |
| Sensitivitas terhadap UV (Ultraviolet) | DNA mudah rusak oleh paparan sinar UV | RNA lebih tahan terhadap sinar UV |
Sel makhluk hidup memiliki DNA dan RNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA dan RNA dapat diisolasi, baik dari sel hewan, manusia, maupun pada tumbuhan. Pada umumnya prinsip isolasi DNA dan RNA yaitu lisis sel, Ekstraksi dan pemisahan komponen selain DNA/RNA. Isolasi DNA tanaman, isolasi DNA buah, isolasi DNA bakteri, dan isolasi DNA hewan pada dasarnya memiliki prinsip yang sama namun memiliki modifikasi dalam hal teknik dan bahan yang digunakan.
Ekstraksi DNA dan RNA
Ekstraksi DNA/RNA merupakan salah satu teknik dasar biologi molekuler yang digunakan untuk mengetahui ekspresi suatu gen atau langkah awal dalam suatu proses penelitian atau diagnostik kit. Langkah ini merupakan penentu keberhasilan dari teknik isolasi DNA/RNA. Metode ekstraksi DNA dan RNA ada berbagai macam cara, selengkapnya dapat dibaca pada artikel terkait klik disini.
Salah satu metode ekstraksi asam nukleat (DNA/RNA) secara konvensional dengan PCI Phenol:Chloroform:Isoamyl (25:24:1,v/v). Phenol:Chloroform:Isoamyl merupakan salah satu teknik tradisional untuk mengisolasi materi genetik DNA atau RNA. Proses ekstraksi tersebut yaitu dengan menambahkan larutan fenol-kloroform-isoamil alkohol dengan sampel dilanjutkan dengan sentrifugasi. Setelah sentrifugasi akan terbentuk fase organik (pada bawah tabung) dan fase air (atas tabung) lihat gambar 1.
Gambar 1. Fase air dan Fase Organik setelah penambahan fenol-kloroform dan sentrifugasi
Fase organik yang terbentuk merupakan endapan protein dan komponen sel lainnya, sedangkan fase air terdapat DNA dan RNA. Proses ini dinamakan dengan presipitasi. Selanjutnya proses tersebut biasanya diulang sebanyak 3 kali sampai benar tidak terlihat lagi adanya fase organik. Komponen Phenol:Chloroform:Isoamyl saat tersedia dalam packing botol dengan konsentrasi yang umum digunakan yaitu Phenol:Chloroform:Isoamyl=25:24:1, juga disesuaikan tingkat pH larutannya. Reagent ekstraksi DNA biasanya cenderung Basa, sedangkan RNA tahan akan pH Asam.
Solarbio sebagai salah satu manufacture pembuat reagen biomolecular memiliki berbagai produk ekstraksi dalam volume dan pH bervariasi, juga konsentrasi untuk ultra sentrifugasi telah tersedia yaitu komposisinya Phenol:Chloroform:Isoamyl=125:24:1. Berikut adalah produk Reagent Ekstraksi DNA dan RNA dari Solarbio (Tabel 2).
Tabel 2. Produk Ekstraksi DNA dan RNA dari Solarbio
| Merk | Cat. No | Deskripsi | Size |
|---|---|---|---|
| SolarBio | P1011 | RNA Extraction Reagent Phenol:Chloroform:Isoamyl=25:24:1, pH<5.0 | 100ml/500ml |
| SolarBio | P1012 | DNA Extraction Reagent Phenol:Chloroform:Isoamyl=25:24:1, pH,pH>7.8 | 100ml/500ml |
| SolarBio | P1021 | DNA Extraction Reagent Phenol:Chloroform:Isoamyl=125:24:1, pH≥7.8) | 100ml/500ml |
| SolarBio | P1025 | RNA Extraction Reagent Phenol:Chloroform:Isoamyl=125:24:1, pH＜5.0 | 100ml/500ml |
Selain merk Solarbio, Merk Sigma dan Thermo juga menyediakan Phenol:Chloroform:Isoamyl dengan komposisi yang sama namun pH mereka berbeda dengan produk Solarbio. Pilihlah reagent sesuai dengan kebutuhan penelitian anda. Kami PT. INDOGEN INTERTAMA sebagai sole agent Solarbio di Indonesia dapat menyuplai kebutuhan anda untuk reagent ekstraksi DNA/RNA diatas. Silahkan menghubungi kami untuk informasi lebih lanjut klik disini.
Sumber:
1. Perbedaan DNA dan RNA
2. Isolation And Digestion Of Chromosomal Dna